2010: Apertura, el sexto título profesional

Para el 2010 llegan al equipo Paulo César Arango, Martín Arzuaga y el defensa panameño Roman Torres como principales contrataciones. En la Copa Libertadores queda eliminado al perder la serie con Racing de Uruguay  4-2

En el Torneo Apertura termina tercero del todos contra todos con 32 puntos, dos menos que el líder Deportes Tolima luego de una sufrida clasificación en el que se le dieron los resultados que necesitaba y venció 2-0 a Envigado F.C. En la semifinal venció a Medellín. En la final enfrentó a Equidad venciendo 3-2 en una final de infarto que se definió por un gol de carambola de Carlos Bacca faltando cuatro minutos para el final del encuentro. Junior así ganaba su sexto campeonato colombiano y clasifica a la Copa Libertadores.  Carlos Bacca es goleador con 12 goles, los mismos de Carlos Rentería de La Equidad. Por la Copa Colombia, Junior logra terminar 2° del grupo A con 18 puntos, los mismos que el líder Real Cartagena, quien los supera por diferencia de goles (5 contra 4), clasificando directamente a los octavos de final, a disputarse al siguiente semestre. Al final del campeonato salen el portero uruguayo Adrian Berbia, así como los delanteros Martin Arzuaga y Emerson Acuña.

Alineación: Carlos Rodríguez,Román Torres, John Valencia,Hayder Palacio,César Fawcett,Jossymar Gómez,Jorge Casanova,Luis Carlos Ruiz, Giovanni Hernández, Víctor Cortés, Carlos Bacca DT:Diego Umaña

Suplentes: Adrian Berbia, Brayner García, Jaider Romero, Frank Pacheco, Martín Arzuaga.

Para el Torneo Finalización, Junior contrata al portero Luis Estacio como principal refuerzo. Logran mantener la mayoría de la nómina campeona, sin embargo con muchos actos de indisciplina y excesiva confianza, los jugadores de Junior hacen un vergonzoso campeonato, resultando en el peor torneo corto en la historia del equipo con solo 16 puntos. Esto conduce al despido del presidente Alejandro Arteta reemplazándolo con Arturo Char y, como consecuencia, del técnico Diego Edison Umaña, reemplazándolo por Oscar Hector Quintabani. Por la Copa Colombia el equipo es eliminado en octavos de final a manos del Deportivo Cali a quien venció 1-0 en Barranquilla, pero perdió 3-2 en Cali y al final cayó 4-2 en los penales. Al final del año salen del equipo Jorge Casanova, Román Torres y Hayder Palacio.

2011: Finalización, séptima estrella

Balón en disputa durante el juego Oriente Petrolero 1-2 Junior.

Para la Copa Libertadores 2011 se contratan jugadores con nombre como Sebastián Viera (procedente del fútbol griego), John Viafara, José Amaya, Sherman Cárdenas, Sergio Otalvaro, y Juan David Valencia, además del reciente goleador de la Primera B, Luis Paez. El equipo termina líder del grupo 2 con 13 puntos, 3 de ventaja sobre el escolta Gremio de Porto Alegre. En los octavos de final enfrenta a Jaguares de Chiapas, empatando 1 a 1 en Tuxtla Gutiérrez y 3 a 3 en Barranquilla, siendo eliminado por goles de visitante.

Las directivas mantuvieron a Oscar Hector Quintabani en su cargo hasta el final del campeonato, donde Junior terminó 15° con 19 puntos, siendo esta una de las peores campañas que el club ha realizado en su historia. Su reemplazante sería Jorge Luis Pinto. Por la Copa Colombia 2011 el equipo termina líder del grupo A con 21 puntos, 1 más que su escolta Valledupar clasificando a los octavos de final a disputarse al siguiente semestre. Al final de semestre salen del equipo Paulo Cesar Arango y John Viáfara.

Séptima estrella

Carlos Bacca quedó goleador por segundo año consecutivo en 2011.

Para el Torneo Finalización 2011 se cambia nuevamente de presidente, siendo Antonio Char el sucesor de Arturo Char. Junior contrata a Cristian Mejía como principal contratación, procedente del fútbol uruguayo. Después de 3 fechas del campeonato, donde se consiguió una derrota 0 a 3, un empate 0 a 0 y una victoria 4 a 0, Jorge Luis Pinto dejaría la dirección técnica tan solo 3 meses después de asumirla al aceptar una oferta para dirigir a la Selección Costa Rica. Su reemplazo sería José Eugenio “Cheché” Hernández recomendado por el mismo Pinto. El equipo termina 1° en el todos contra todos por primera vez en los torneos cortos, con 1 punto de ventaja sobre el escolta Itagüí Ditaires. En los cuartos de final enfrenta a Boyacá Chicó en una polémica serie donde solo se jugaron 45 minutos en Tunja debido a la agresión a un juez de línea. Boyacá Chicó fue sancionado con la anulación del punto que conseguía hasta ese momento, siendo suficiente el empate 2 a 2 en Barranquilla (después de estar el partido 0-2 en contra de Junior) para lograr clasificar a las semifinales, donde enfrentará a Millonarios en una serie épica donde Junior perdió 3-0 en Bogotá y remontó con el mismo marcador en Barranquilla, definiendo la clasificación desde los penales, donde Junior se impuso 5-4, en un partido donde la afición se hizo sentir. En la final enfrentaría a Once Caldas, ganando 3-2 en Barranquilla (después de remontar un 0-2) y perdiendo 2-1 en Manizales definiendo el título con un 2-4 en los penales, logrando su séptimo título colombiano y la clasificación a la Copa Libertadores 2012. Igualmente, Carlos Bacca logra el Botín de Oro por 2° año consecutivo al anotar 12 goles (2 más que sus perseguidores Germán Cano del Pereira, Lionard Pajoy del Itagüí y su hermano John Pajoy del Once Caldas).

Alineación: Sebastián Viera Andrés Felipe González Anselmo de Almeida Jaider Romero Juan David Valencia Jossymar Gómez Luis Narváez Luis Carlos Ruiz Giovanni Hernández Vladimir Hernández Carlos Bacca DT: José Eugenio Hernández

Suplentes: Carlos Rodríguez, Brayner García, Sherman Cárdenas, Víctor Cortés, Luis Páez, César Fawcett

Por la Copa Colombia, Junior enfrenta al Once Caldas empatando 1 a 1 ambos juegos (en Manizales y Barranquilla) y clasificando a los cuartos de final al ganar 4-3 en los penales. En los cuartos de final enfrentaron a Valledupar empatando 0 a 0 en Barranquilla y 1 a 1 en Valledupar definiendo nuevamente la serie desde la tanda de penales, que finalmente volverían a ganar por resultado 2-4. En las semifinales enfrentaban a Millonarios perdiendo 3-0 en Bogotá y empatando 0-0 en Barranquilla quedando eliminados del certamen. Carlos Bacca logra consagrarse por 2° vez goleador de este torneo, esta vez con 8 goles (compartiendo el título con Oscar Iván Méndez del Real Cartagena).

Al final del año, salen del equipo Carlos Bacca (rumbo al fútbol belga), Juan David Valencia, José Amaya y Sergio Otálvaro.

(2012) – (2013): El ocaso de una era

Para el primer semestre de 2012 llegan al equipo Iván Vélez y Héctor Quiñones como principales contrataciones. Junior cumple malas campañas debido a la salida de sus principales figuras y su no reemplazo dentro de la nómina. En la Copa Libertadores 2012 queda eliminado en fase de grupos al terminar tercero del grupo 3 con 7 puntos, 3 menos que los líderes Unión Española y Bolívar.